Църквата е построена и стенописана по времето на българския цар Иван Асен II върху по-малка църква вероятно посветена на Богородица, в чест на голямата му победа в Битката при Клокотница на 9 март 1230 г. (деня на Свети 40 севастийски мъченици) над епирския деспот Теодор Комнин.